选择专业的北京防水公司进行施工，可以考虑以下几点：

1. 资质和证书：查看北京防水公司是否具备相关的资质和证书。例如，北京市建设工程质量监督检测研究院颁发的《建筑防水工程专项施工企业资格证书》等。这些证书和资质可以证明该公司在防水领域具备一定的技术实力和施工能力。

2. 专业经验：了解防水公司的专业经验和项目案例。可以查阅其官方网站或其他渠道，了解公司的成立时间、施工项目类型和规模等信息。如果有类似的防水工程经验，说明该公司对相关领域具备一定的经验和技术能力。

3. 技术能力：评估防水公司的技术能力和施工方案。可以向公司索取技术方案和施工流程，了解其在防水材料选择、施工工艺等方面的专业知识。可以通过与公司的技术人员沟通，了解其技术水平和解决问题的能力。

4. 口碑和客户评价：了解北京防水公司的口碑和客户评价。可以通过查阅互联网上的用户评价、口碑网站或社交媒体上的相关评论，获取对该公司的客观评价。也可以向公司索取一些施工项目的参考客户，与其进行沟通和了解。

5. 服务和售后保障：了解北京防水公司的服务和保障措施。一个专业的防水公司应该提供完善的售前和售后服务。可以了解其在项目施工期间的服务态度和配合情况，以及施工完工后的质量保障和售后服务等。

6. 合同和保障：与北京防水公司签订明确的合同，确保双方的权益。合同中应包括工程范围、工期安排、施工标准、付款条件等方面的约定。另外，要了解公司所提供的质保期和售后保障等内容。

通过综合考虑以上因素，选择一家有资质、有经验、具备技术能力和提供良好服务的专业北京防水公司，可以确保施工质量和项目进展的顺利进行。最好可以与几家防水公司进行初步的接洽和比较，最终选择最合适的一家进行施工。